钟鼓楼曾多次维修。清顺治时参将郑续善补修。乾隆三十二年（1767）知县白钟麟动员乡里大事修缮。此后200多年里，经历了多次地震。民国十六年（1927）大地震后，楼体倾斜下陷，部分构件断裂脱卯，楼顶层层渗漏，有倒塌危险。中华人民共和国成立后，曾经几次维修，1981年省人民政府公布为省级文物保护单位。1984年，中共永昌县委，县人民政府报经省、市人民政府批准，对钟鼓楼进行了落架重修，1984年6月24日动工，1986年6月底竣工，7月28日由省、市文化部们参加剪彩验收。维修坚持修旧如旧，保持原样。通天柱选用优质红松，椽材精选祁连云杉，飞头斗拱多取原件。用南山石制础，以钢筋混凝土固基。由北京琉璃制品厂重造琉璃瓦兽八卦式宝顶。请国内各地知名书法家依原文重书匾额。由咸阳古建筑维修队彩绘。由县离合器厂新铸高1.35米，口径1.1米，重1吨铁钟。由县木器社等单位新制面直径1.6米大鼓一面。对损坏的风铃等原件，均恢复原样。这次维修，共用经费53万元。其中群众集资1万元。总用工2.6万个。1994年,县政府拨款5万元,对永昌钟鼓楼一层木件重新油漆彩绘; 2000年，县政府拨款对钟鼓楼一楼地面进行了防渗水技术处理；2002年，县政府拨款对钟鼓楼四面门洞加固了不锈钢金属围栏，有效地保护了钟鼓楼的外围安全。2016年县政府对钟鼓楼实施了亮化工程。

永昌钟鼓楼内置钟、鼓，晨钟暮鼓，声闻四达，籍以振兴文教，教化民众，历经数百年风雨浸润，是永昌历史文化的象征。整个建筑结构严谨,雄伟壮观,是河西走廊重要的古建筑之一,是研究明清以来古代汉族建筑艺术的重要实物资料。

永昌县城地处河西走廊东部，是汉、唐中外交通要道 “丝绸之路”上的一座古城。从历史上看，永昌是一个多民族聚居的地方，反映在钟鼓楼这一古建筑上，具有蒙汉党项等多民族文化交融一体的风格。其一：从艺术造型上看，形体是由屋顶，木构架，台基三大要素所构成，沿袭了汉朝的做法，是汉族建筑风格的主要特征之一；其二从平面布局看，钟鼓楼设在全城正中，掌管全城作息和夜禁时刻，是元朝的制度，也是蒙古族建筑的布局手法，它置钟鼓于一楼，与宋金明清时期“鼓楼在东,钟楼在西”的形制不同;三,从建筑形式上看,盝顶式屋顶是元代常见的造型之一，明初，元朝宫殿多被拆除，唯独永昌钟鼓楼上有蒙古族风格的宝顶，这在国风的古建筑中尚无先例。永昌钟鼓楼还有一个特点,就是在盝顶之上加了一个八卦宝顶,突出了汉族民间盛行的五行之说;其四:围栏共分三格,扶手下一空格,中有垫墩,中间一小格,用木版装实,刻有卷草花纹图案,下一大格, 用木版装实刻有降幕云图案,系西夏宫廷建筑风格。另外,三层楼室内五片直彩的第一到第二片直彩间,置一小斗,系宋代建筑风格。其五:从油漆彩画看,柱、门、窗为深朱红色,斗拱青绿间色,即兰升斗间以绿昂拱,绿升斗间以兰昂拱,分别以三青三绿及绿华退晕,墨线压边。斗拱板面涂红底,画兰绿火焰三宝珠,均为典型的明代州城彩风格——旋子彩画。